Mentre Jesse sta seguendo un corso di vela con la figlia Gracie, la barca viene assalita da pirati, che prendono tutti in ostaggio e chiedono un riscatto. N.C.I.S. e Guardia Costiera si attivano subito.
L'N.C.I.S. indaga sull'omicidio di due agenti dell'F.B.I. e di due uomini che utilizzavano il ristorante Ho'olua per riciclare denaro sporco.
Le agenzie federali indagano sulla morte di un marinaio avvenuta durante l'opera di manutenzione di una diga. Ernie viene rapito dalla taskforce che si occupa di combattere gli attacchi ransomware.