Martin Mystère è uno scapestrato e avventuroso adolescente appassionato di antropologia che frequenta il college canadese di Torrington Academy insieme a Diana Lombard.
I due ragazzi lavorano segretamente per il Centro, un’organizzazione che si occupa di svelare i misteri nascosti dietro ai fenomeni paranormali e di proteggere l’umanità da minacce extraterrestri e soprannaturali. Ma non tutti quelli che lavorano per il Centro sono umani: Billy, uno dei migliori amici di Martin è un alieno dalla pelle verde, e Java, che fin dalla prima puntata affianca i due ragazzi nelle loro peripezie, è un mastodontico uomo delle caverne che più che a parole si esprime a grugniti.
Appassionato di indagini e di misteri, Martin, il detective dell’impossibile, affronterà con il suo team avvincenti missioni e spericolate avventure, svelando anche i grandi enigmi del passato, quelli ai quali la scienza non è ancora riuscita a dare una spiegazione.
Liberamente ispirata al fumetto Martin Mystère creato da Alfredo Castelli e Giancarlo Alessandrini, la serie animata, presenta una versione giovanile dei protagonisti originali e un tono più scanzonato e dinamico delle loro avventure.