Alessio Boni è nato a Sarnico, in provincia di Bergamo, il 4 luglio 1966.
Si è diplomato all'Accademia d'Arte Drammatica Silvio D'Amico nel 1992 e ha seguito un corso di perfezionamento con Luca Ronconi e uno di recitazione teatrale a Los Angeles.

I suoi esordi sono proprio in teatro e come attore di fotoromanzi. Poi sia per la televisione che per il cinema ha collaborato con registi quali Marco Tullio Giordana ("La meglio gioventù", "Sanguepazzo"), Cristina Comencini ("La bestia nel cuore") fino a divenire il protagonista di biografie illustri come quella di Puccini e di Caravaggio con cui nel 2008 ha vinto il Magnolia Award allo Shangai International Tv Festival.

Tra gli altri numerosi riconoscimenti: il Nastro d'argento nel 2004 come miglior attore protagonista ne "La meglio Gioventù", due Globi d'oro, il primo nel 2005 come miglior attore rivelazione per il film "Quando sei nato non puoi più nasconderti", il secondo nel 2006 come miglior attore per "Arrivederci amore, ciao".